一般依功能性分為:

正立顯微鏡:用於組織切片觀察
倒立顯微鏡:用於培養活體細胞觀察
立體(解剖)顯微鏡:用於解剖動物植物觀察

經過物鏡放大，仍可鑑別二物體之最小距離為最小鑑別率．光學顯微鏡的最小鑑別率約在0.25μm

測微尺規格:尺規全長10mm區分100小格,每小格為10mm/100(格)=0.1mm
測量計算方法:實際觀察測量格數X0.1mm/物鏡倍率
Ex：用40倍物鏡觀察,目鏡測微尺測得20小格
即20X0.1mm/40倍=0.05mm   
單位換算mm→um     0.05mmX1000=50um
所以實際測量檢體尺寸為50um   

1. 先對焦右眼，再調整左眼視差補償至右眼清晰度相同。

2. 調整兩眼的眼幅，雙眼一起觀察至中間不會有隔開的感覺。

3. 顯微鏡對焦時，先使用高倍率，在使用低倍率，高倍往低倍對焦，如此才能形成共焦，在調整倍率的時候，只需做小幅度的微調即可

4. 若是使用參眼觀察筒時要切換光路拉桿,以取得照相影像

 觀察對比不明顯或是無染色標本時.可試著把聚光器孔徑調小來增加標本對比度.

  明視野觀察(Bright Field): 一般光學組織切片觀察
  暗視野觀察(Dark Field):小動物如螺旋桿菌及纖毛鞭毛結構等觀察
  位相差觀察(Phase Contrast):一般培養活體細胞觀察
  微分干涉觀察(Differential Interference contrast):活體卵細胞及線蟲等觀察
  螢光觀察(Fluorescence):一般螢光染色標記或活體螢光如GFP等觀察
  偏光觀察(Polarized Light):礦物及結晶結構等觀察